Rautateiden suuresta liikenteellisestä merkityksestä johtuen niiden toimintaa yritettiin sisällissodan aikana haitata puolin ja toisin. Kiskoille sidottu rautatieliikenne oli jo ennen ilmapommitusten aikaa melko helppoa estää räjäyttämällä siltoja ja irrottamalla kiskoja. Valkoisen Suomen rautatiet maksoivat suojeluskunnille mm. rautatiesiltojen vartioinnista. Punaiset rautatieviranomaiset eivät suosineet rautatieläisten lähettämistä rintamalle siitäkään syystä, että rautateiden punakaartilaisia tarvittiin vartioimaan liikenteellisesti tärkeitä kohteita.
Varsin pahoja vaurioita rautatiet kärsivät huhtikuun aikana. Punaisten vahvimman tukikohdan Tampereen jouduttua valkoisten haltuun punaiset perääntyessään tuhosivat rataverkkoa laajalti haitatakseen vastapuolen etenemistä.
Huolimatta sodassa käytetystä poltetun maan taktiikasta rautateiden aineelliset vahingot jäivät suhteellisen pieniksi: mm. siltoja räjäytettiin laskutavasta riippuen 54-56, mutta näistä pääosa kärsi vain lieviä vahinkoja. Liikkuvan kaluston menetykset olivat radan ja rakennusten menetyksiä rahallisesti suuremmat. Sodassa tuhoutui kaksi matkustajajunaveturia, kymmenkunta tavarajunaveturia ja 309 vaunua. Suurimmat liikkuvan kaluston menetykset aiheutuivat kuitenkin Venäjälle paenneiden punaisten rautatieläisten evakuoiman kaluston muodossa. Venäjälle joutui kaikkiaan 58 veturia ja yli
Valtionrautateille aiheutuneet vauriot eivät pääsääntöisesti olleet suuria varsinkaan verrattuina ensimmäisen maailmansodan tuhoista kärsimään joutuneiden varsinaisten sotaa käyneiden Euroopan maiden rautateiden menetyksiin, ja ne ehdittiin korjata vuoteen 1924 mennessä.